3，冷藏链的问题：有一些疫苗或菌苗是减毒活疫苗或减毒活菌苗，存在着有效期短，在生产、运输和储存上需要冷藏的环境，如果中间某个环节出了问题，造成活菌苗或活疫苗死亡，那么接种后就不会产生抗体，当然也谈不到免疫的效果了。
4，检测抗体时的试剂、检测的方法出问题、以及每个医生的检验技术水平问题，也会造成检测抗体时出现阴性的情况。
5、医生的接种技术问题：⑴消毒接种部位应该由内向外螺旋式对接种部位皮肤用75%的酒精进行消毒，涂擦直径≥5 cm，待酒精干后再接种。严禁使用2%碘酊进行消毒，疫苗易被酒精杀灭，皮肤消毒后需待干后可注射。如果消毒的酒精没有干也会影响接种的效果。⑵接种部位和接种途径(皮下、皮内、肌内，口服)要正确，及注射部位和深度要正确。⑶加吸附剂的疫苗，注意摇匀，做到“苗不离冰”，活疫苗安瓿开启半小时，死疫苗开启一小时未用完应废弃。⑷如果两种疫苗需要同时接种的话，需要在不同部位，不同针管进行接种。如两种减毒活疫苗未能同时接种，应至少间隔4周再接种。
以上个各环节出现问题，就会接种失败，致使体内没有相应的抗体。
疫苗按接种程序完成后进行抗体测定十分必要的。如果经过检查机体产生了足够的保护抗体，就说明人工自动免疫是成功的。虽然已产生了足够的抗体，抗体水平也会着随时间推移而逐渐下降，要定期进行抗体测定，以确定是否有必要进行加强接种。若没有产生抗体，就需要再次按程序进行接种；如果产生的抗体较少时，就需要加强接种。
